三重櫓跡。本丸北側の土塁上に建っていた。寛永18年(1641)に天守代用の三重櫓として建てられた。
本丸から見る水濠。本丸の北側と東側は水濠が取り巻く。
本丸楠門跡。かつては枡形虎口に櫓門が設けられていたが、安政元年(1854)の大地震で櫓門は倒壊した。
明治天皇行在所。明治13年の三重巡幸の際の行在所を移築したもの。
大久保神官家棟門。南崎権現社の神官であった大久保家の門とされるもの。
与助井戸。本丸にあった井戸。築城時にここにあった与助鍛冶を移転させた事からこの名が付いたと伝わる。
現在本丸には亀山神社がある。